5 июля адмирал рапортует царю, что собранный им вторично «…по силе высочайшего вашего императорского величества устава военного флота военный совет…» рассмотрел «…обстоятельства и согласно мнение свое…» положил «…на том же основании, как и прежде, что ескадры по тем же самым обстоятельствам не могут следовать в отдаленность, тем паче, что не имеют провианта и не предвидится надежды к получению оного… (Посему) с ескадрами сего числа из Корфу отправляюсь чрез Константинопольский пролив в черноморские порты». О том же он сообщает Томаре: «За уведомлением письмом моим, июня от 28‐го числа с курьером из Сената отправленным, ваше превосходительство сим уведомить честь имею: в рассуждении недостатка провианта, потребных припасов, материалов, такелажа и большого требующегося исправления кораблей, необходимость понудила меня собрать военный совет, и по рассмотрении подробностей оным согласное положили мнение: ескадрам и войскам, здесь находящимся, немедленно возвратиться в черноморские порты». При этом отряд Сорокина (3 фрегата) с десантными войсками оставлялся для действий по защите Неаполя; если надобности в этом не окажется – ему было предписано плыть на Черное море, высадив десантников князя Волконского на Корфу, чтоб потом их забрал в Россию еще чинившийся в Италии отряд Войновича (тоже 3 фрегата). Еще Ушаков писал Томаре: «В Корфу сходно новому положению плана конституции оставляю я артиллерийскую команду под начальством артиллерии подполковника Гастфера, а на прочих островах войск наших нисколько не останется. Прошу ваше превосходительство исходатайствовать высочайшую конфирмацию об оставленных нами войсках в Корфу, и не повелено ли будет из оных хотя малою частию человек по 10 или по 12 отделить на острова Кефалонию, Занте и Сант-Мавру, которые в великих сумнительных и беспокойствиях остаются без наших войск. Они хотя малое количество войск наших защитою себе их почитают, а особо, что они внутреннее спокойствие в островах лучшее через них иметь могут».
Русским генеральным консулом на Корфу стал грек Л.П. Бенаки, которому перед отплытием адмирал оставил ряд ценных распоряжений. Грекам для защиты островов Корфу, Занте, Кефалония и Санта-Мавра адмирал подарил 4 полугалеры «к охранению сего места и малых судов, переходящих из острова в остров, от лодок разбойнических».
Тем временем англичане забрали «Леандр», о чем свидетельствует сообщение конторы главного командира Черноморского флота Адмиралтейств-коллегии от 14 июля 1800 г.: «Взятый под крепостью Корфу в плен от французов корабль «Леандр», по высочайшему именному е. и. в. повелению, отдан английскому лорду Нельсону, от которого прислан в Корфу нарочный корабль». Проплывая остров Цериго, Ушаков снял с него русский гарнизон. 11 августа адмирал с эскадрой был на острове Тенедос и просил доставить из Константинополя провизию. 30 числа он был уже у турецкой столицы. Там он и написал Томаре, что «…от государя императора получил именное высочайшее повеление, майя от 22‐го дня по секрету писанное, коим повелено, забрав все ескадры и войска сухопутные, даже и баталионы генерал-лейтенанта Бороздина с поспешностью следовать мне со всеми в черноморские порты, сходно как прежними повелениями предписано. А как я из Корфу отправился предупредительно и по известным вашему превосходительству обстоятельствам, вновь тогда последовавшим, три фрегата флота с капитаном Сорокиным и баталионы генерал-лейтенанта Бороздина остались в Неаполе, также в крепостях Корфу по известности ж вам обстоятельств осталась артиллерийская команда под начальством подполковника Гастфера, всего до 150‐ти человек, сходно с положением нового утвержденного плана о Республике Семи островов; обстоятельства тогдашние государю императору, уповаю я, были еще не известны, но ныне, получа я таковое высочайшее повеление, должен решиться его выполнить тем, что нужно в самой скорости послать от меня в Неаполь и в Корфу. Сие высочайшее повеление получил я в нынешнее только время и теперь по близости здешнего места крайнюю надобность