При таких качествах и внешности В. И. Шуйский не мог внушить подданным ни любви, ни даже симпатий. Кроме того, у него не было наследников, и в момент восхождения на трон он был вдовцом.
Вероятно, новый царь понимал, что его положение шатко, поэтому решил укрепить трон с помощью патриарха. Выбор пал на казанского митрополита Гермогена, хорошо известного непримиримой борьбой с самозванцем (он публично порицал лжецаря за женитьбу на католичке).
Но все попытки Василия убедить подданных в законности своего воцарения оказались напрасными. К осени выяснилось, что его власть отказываются признавать все северские города и Поволжье – от Нижнего Новгорода до Астрахани, где большой популярностью пользовался некий «царевич Петруша», называвшийся сыном Фёдора Ивановича.
Царь Василий попытался исправить положение и направил к Астрахани рать Ф. И. Шереметева, в Кромы – князя Ю. Н. Трубецкого, в Елец – князя И. М. Воротынского. Но первому взять Астрахань не удалось и пришлось зазимовать на волжском острове Балчик; второй был полностью разгромлен, третий был вынужден отойти к Туле, где его войско распалось – дворяне не захотели проливать кровь за боярского царя.
В августе стало известно, что к столице движутся полки эмиссара Лжедмитрия И. И. Болотникова. По пути к нему присоединились городовые дружины Венёва, Рязани и других юго-западных городов. 23 сентября царский брат И. Шуйский попробовал остановить болотниковцев у впадения Угры в Оку, но был разгромлен. Второй бой состоялся у села Троицкого 25 октября. Но и он оказался неудачным для царских воевод. 28 октября повстанцы подошли к Коломенскому и начали пятинедельную осаду столицы.
Положение царя Василия оказалось просто катастрофическим. Он был заперт в Москве среди бунтующей страны, не имея ни армии, ни какой-либо поддержки извне. Волновались даже москвичи и постоянно требовали объяснений происходящего. В этом тяжелейшем положении Василий нашел только одного союзника – церковь в лице Гермогена. По инициативе иерарха была публично зачитана «Повесть о видении некоего мужа духовна», написанная благовещенским протопопом Терентием. В ней свалившиеся на страну беды объяснялись всеобщей греховностью, включая и царя, и патриарха. Чтобы отвратить Божий гнев, были организованы массовые акции покаяния и молебны. Они сплотили жителей вокруг церкви и царя.
Кроме того, в стан болотниковцев стали засылаться лазутчики, которые уверяли городовых воевод в том, что никакого «царя Дмитрия» нет, а есть лишь сборище босяков и головорезов, которые хотят нажиться за чужой счет с помощью разбоев и грабежей. Поскольку действительно «Дмитрий», всегда любивший военные походы, не появлялся, то многие стали сомневаться в том, что он жив. Вскоре рязанские воеводы П. Ляпунов и Г. Сунбулов покинули стан болотниковцев и перешли на сторону царя Василия. Их примеру последовал и венёвский воевода И. Пашков. Это существенно ослабило войско И. Болотникова, поэтому 1 декабря в битве у деревни Котлы оно потерпело поражение от молодого и талантливого полководца М. В. Скопина-Шуйского. Известите о том, что на помощь Москве идут дружины из Смоленска, заставило Болотникова принять решение отойти к Калуге.
Следует отметить, что среди русской знати вряд ли кто-нибудь верил в «чудесное спасение» «царя Дмитрия». Его бывшие сторонники, когда-то предавшие царя Бориса, князья Б. П. Татев и И. В. Голицын, мнимые родственники М. А. Нагой и И. Н. Романов, сражались на стороне Василия Шуйского. Напротив, зять С. Н. Годунова – князь А. А. Телятевский оказался в стане Болотникова и бился за интересы самозванца. Получалось, что каждый выбирал себе того государя, который сулил ему большую выгоду.
К весне 1607 г. для царя Василия сложилась благоприятная ситуация. Смоляне освободили Дорогобуж, Вязьму, Можайск. Понизовая рать Ф. И. Шереметева заставила «царевича Петрушу» покинуть Поволжье и убедила жителей Арзамаса, Нижнего Новгорода, Свияжска и других волжских городов присягнуть Шуйскому.
Чтобы вновь сплотить подданных вокруг себя, царь Василий вместе с Гермогеном и привезенным из Старицы патриархом Иовом устроили церемонию всеобщего покаяния. Во время нее простые люди с воплем и плачем припадали к ногам слепого Иова и просили у него прощение за то, что помогали «злобному еретику Лжедмитрию» и нарушили крестное целование патриарху и Годуновым. Это, как полагал царь, должно было остановить их от нового предательства.
Уступкой дворянству стал изданный 9 марта 1607 г. закон – Соборное уложение, согласно которому срок сыска беглых крестьян увеличивался с 5 лет до 15, т. е. к владельцу должны были вернуться крестьяне, записанные в 1592 г. в писцовые книги. Но добровольных холопов кабалить было нельзя. Обычно в их числе были обедневшие дворяне, нанимавшиеся в услужение к боярам и князьям.
В это время путивльскому воеводе князю Г. Шаховскому удалось убедить «царевича Петрушу», который был всего лишь молодым казаком Ильей из Мурома, взять на себя роль монарха, поскольку «Дмитрия» в реальности все еще не было. Во главе казачьего войска он направился на помощь осажденному в Калуге Болотникову. Вместе им удалось прорваться к Туле и начать подготовку нового похода на Москву.
В. И. Шуйский тоже стал собирать воинских людей. Поскольку казна была растрачена еще его предшественником, пришлось увеличить налоги, повысить таможенные платежи, изъять ценности у богатых монастырей (снова у Троице-Сергиева), просить деньги у зажиточных людей, в частности у Строгановых, которые в благодарность получили право писаться с отчеством (до этого такое право имели только представители высшей знати).
В итоге удалось собрать и оснастить довольно большое войско – около 100 тысяч воинов. Царь Василий решил сам его возглавить, поскольку был достаточно опытным полководцем. Поход к Туле начался 21 мая 1607 г. Во главе Передового полка был поставлен царский родственник князь М. В. Скопин-Шуйский. 30 июня, когда к Туле прибыло основное царское войско, город уже был окружен Скопиным. Но болотниковцы упорно оборонялись и сдаваться не желали. И. Болотников и «Петруша» рассчитывали на помощь из Стародуба, где наконец-то объявился какой-то человек, назвавшийся царем Дмитрием. Его настоящее имя так и осталось загадкой для современников. Некоторые полагали, что он до этого был учителем богословия из Литвы, поскольку хорошо знал Священное Писание и умел витиевато выражаться. Принять чужое имя его якобы заставили стародубские воеводы, понимавшие, что без реального самозванца вся авантюра может быстро провалиться.
Но Лжедмитрий II не мог появиться в Туле, где его сразу бы разоблачил сам Болотников, видевший в Самборе совсем иного человека. Поэтому участь восставших была предрешена.
В. И. Шуйский, видя, что осада Тулы слишком долго не приносит успеха, решил пойти на хитрость. По совету боярского сына Мешка Кравкова он приказал перекрыть протекавшую через город реку Упа мешками с песком. Это вызвало в городе наводнение. Болотниковцы уже не смогли сражаться и сдались. Хотя царь