Прокопий стремился к тому, чтобы во всех действиях ополченцев был закон и порядок. Однако многим вольным казакам это не нравилось. Они считали, что могут с помощью оружия брать у мирных жителей все, что им нравится. Особенно был недоволен Ляпуновым И. Заруцкий, желавший бесконтрольно присваивать чужие богатства и в итоге посадить на престол свою пассию Марину Мнишек с сыном Лжедмитрия II Иваном. Ляпунов был категорически против Марины и «Ворёнка» (так в народе называли ее сына) и считал более подходящей кандидатуру шведского королевича Карла-Филиппа. Ее предлагали ополченцам новгородцы, вступившие в переговоры со шведским королем. Однако после захвата Новгорода шведами 17 июля 1611 г. вопрос о королевиче был снят.
Активная деятельность П. П. Ляпунова не нравилась не только атаманам, но и осажденным полякам. Через своих лазутчиков им стало известно о зреющем среди ополченцев конфликте, и они решили его усилить. Казакам была подброшена грамота, якобы написанная Ляпуновым к городовым воеводам, в которой он приказывал расправляться с любыми казаками, как с разбойниками и грабителями. Естественно, что она вызвала возмущение. Атаманы потребовали, чтобы Ляпунов пришел на казачий круг и объяснился, при этом они пообещали, что его жизни ничего не будет угрожать.
25 июля Прокопий встретился с казаками и попытался убедить их в том, что попавшая к ним грамота – подложная. Но никто не стал его слушать. Казаки набросились на воеводу и зарубили саблями.
Убийство одного из руководителей ополчения глубоко возмутило представителей городов, т. е. «земцев». Многие из них покинули подмосковный стан и разъехались по домам. Это очень ослабило Первое ополчение. Более того, своеволие и наглость казаков подорвали доверие к ним простых людей. Централизованное снабжение войска продовольствием и всем необходимым почти прекратилось. Жизнь в лагере стала очень трудной. Только настойчивость и упорство Д. Т. Трубецкого спасали ополчение от полного развала. Чтобы поднять моральный дух воинов, вместе с духовенством он организовал перенос из Казани чудотворного образа Казанской Богоматери. Святыня должна была стать покровительницей всех патриотов. Когда процессия с иконой достигла лагеря, князь Дмитрий Трубецкой вышел навстречу, преклонил колени и поцеловал святыню. В это время Заруцкий гарцевал на коне и осыпал его насмешками. Всем присутствующим стало ясно, что раскол между руководителями ополчения неизбежен.
Находившийся в тюрьме патриарх Гермоген с горечью узнал, что в стане ополченцев нет единства, что его ряды уменьшаются, и общее великое дело вот-вот может закончиться прахом. Поэтому вновь его посланцы отправились в города поднимать на борьбу новых патриотов. Вскоре к патриарху присоединились и монахи Троице-Сергиева монастыря во главе с архимандритом Дионисием. Их грамоты нашли живой отклик в Нижнем Новгороде.
В начале осени 1611 г. земский староста Кузьма Минин обратился к горожанам с призывом собрать средства для подготовки нового ополчения. Все стали жертвовать самое ценное. Откликнулись и воинские люди, главным образом смоляне, которые переселились в поволжский район после захвата Смоленска королем летом, 3 июня 1611 г. Оставалось найти полководца.
Выбор пал на лечившегося в своем имении недалеко от Нижнего Новгорода князя Дмитрия Михайловича Пожарского. Он давно был известен как опытный и отважный полководец, уже успевший сразиться с поляками в Москве в дни мартовского восстания. Кузьма Минин стал его верным помощником. Земский староста организовал не только сбор пожертвований, но и «пятой деньги», т. е. пятой части всего имущества. Пожарский же занялся формированием полков. К смолянам и нижегородцам вскоре присоединились дорогобужане, вязьмичи, жители Балахны и Гороховца. Общая численность войска достигла 3 тыс. чел.
В марте 1612 г. Второе ополчение выступило к Ярославлю, где находилось много артиллерийских орудий, всевозможное вооружение, привезенное из других городов. В апреле было сформировано временное правительство, названное «Советом всей земли». Его главой стал Пожарский, получивший титул «По избранию всей земли Московского государства всяких чинов людей у ратных и у земских дел стольник и воевода князь Дмитрий Михайлович».
В Ярославль постоянно прибывало подкрепление из других городов: Касимова, Темникова, Кадома, Алатыря. В итоге численность войска Второго ополчения стала превышать 10 тыс. чел.
Первоначально планировалось войти в контакт с руководителями Первого ополчения, но вскоре выяснилось, что те присягнули на верность очередному Лжедмитрию, уже третьему, который объявился в Пскове. В народе его называли Сидоркой. Пожарский и Минин с такими «воровскими личностями» дел иметь не хотели. Более подходящей им показалась кандидатура шведского королевича Карла-Филиппа, который уже считался государем Новгорода. По этому поводу начались переговоры с новгородцами, но, может быть, их цель состояла не в том, чтобы посадить шведа на русский престол, а в том, чтобы получить помощь для борьбы с поляками.
И. Заруцкий был крайне недоволен созданием Второго ополчения, поскольку понимал, что его безраздельной власти и самоуправству вскоре придет конец. Поэтому он даже попытался подослать к Пожарскому убийц. Но те были схвачены и разоблачены.
Д. Трубецкой вскоре понял, что с вольными казаками ему не по пути. Разоблачен и пойман был и Псковский вор Сидорка. Поэтому полководец решил вступить в союзнические отношения с руководителями Второго ополчения. Их помощь оказалась крайне необходимой, когда летом 1612 г. пришла весть о движении к Москве войска гетмана Хоткевича.
По призыву Трубецкого Второе ополчение двинулось к столице. Путь проходил через Ростов, Переславль, Троице-Сергиев монастырь. Архимандрит Дионисий со старцами радостно приветствовал патриотов в Троице-Сергиевом монастыре и благословил их на решающую битву. Такова была традиция со времен Куликовской битвы.
20 августа войско Пожарского и Минина подошло к Москве. Там стояли только оборванные и изголодавшиеся полки Трубецкого. Заруцкий же с казаками предпочел отправиться в Коломну, где его ждали Марина Мнишек с сыном Иваном.
Поначалу войско Второго ополчения не решилось объединиться с Первым, помня о печальной участи Прокопия Ляпунова, и расположилось на берегу Яузы. Это очень обидело Трубецкого, который решил не помогать «богатым ярославцам» в сражении с гетманом.
22 августа в районе Чертольских ворот началась битва. На следующий день у Донского монастыря поляки пошли на прорыв. Только помощь казаков Трубецкого спасла положение, в котором оказались отряды Пожарского. Затем засадный полк Минина окончательно разгромил поляков. Гетман был вынужден отойти от Москвы, оставив победителям 400 возов с продовольствием, предназначенным для осажденного в Китай-городе и Кремле польского гарнизона.
Совместные сражения сплотили ополченцев, распри закончились, и все стали готовиться к решающему штурму. 22 октября 1612 г. после непродолжительного боя был взят Китай-город. Оборонять его было почти некому. Голод и болезни нанесли большой урон польскому гарнизону. Русские люди сражаться со своими братьями не хотели.
26 октября сдался и Кремль. Поляки во